Поменять цены на все товары из одного ИБ можно, например, так:

UPDATE b_catalog_price
SET PRICE = PRICE*1.25
WHERE PRODUCT_ID IN
(SELECT ID FROM b_iblock_element WHERE IBLOCK_ID = 49)

Здесь происходит умножение цены на 1.25 для всех товаров из ИБ 49.