После регламентной процедуры проведения по партиям, которая выполняется ежедневно ночью, некоторые партии товаров не списываются. Это значит, что

• товар не было в достаточном количестве (остаток ушел в минус)
• для документов возврата был неправильно указан документ партии (основания)
• другие случаи

Данные ошибки нужно разбирать и корректировать каждый день. Чтобы их увидеть, нужно открыть в 1С Журнал регистрации (Сервис - Журнал регистрации) и включить отбор

Далее, используя отчет Движения товаров объединенные, по каждому случаю выяснить причину ошибки и исправить.