Нужно сделать два запроса. Первый создаёт записи товаров, которые никогда в наличии не были. Магические числа:

• AMOUNT — количество
• STORE_ID — идентификатор склада

INSERT INTO b_catalog_store_product (PRODUCT_ID,AMOUNT,STORE_ID) SELECT ID,1,3 FROM b_catalog_product WHERE QUANTITY = 0

Второй проставляет количество (на этот раз в немного другом месте).

UPDATE b_catalog_product SET QUANTITY = 1 WHERE QUANTITY=0