выявить сумму расхождения

искать эту сумму среди операций по картам, перечисленных в Отчете о розничных продажах

искать похожий чек ККМ

проверить правильность оформления этого чека (вид оплаты, проведен, пробит)

проверить наличие этого чека в ОФД, сравнить его с чеком ККМ в 1С

искать эту операцию в отчете по сверке итогов банковского терминала. Если все вышеперечисленное есть, а в сверке итого операции нет, то сделать запрос в банк-эквайрер на процессинг данной операции